JAPENSWP dikenali sebagai Bahagian Pendakwaan-JAWI sebelum 

dinaik taraf sebagai sebuah Jabatan.

Inisiatif yang dilaksanakan oleh Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (JAKIM) dan Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) dengan kerjasama beberapa agensi kerajaan yang berkaitan sejak 2007, secara prinsipnya bersetuju dengan cadangan memperkasakan perundangan Syariah melalui pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada JAIN dan dinaik taraf kepada sebuah jabatan. Langkah ini adalah selaras dengan agenda dalam Program Transformasi Kerajaan (GTP) yang mensasarkan objektifnya untuk mentransformasikan perhidmatan awam ke arah yang lebih efektif dalam penyampaian perkhidmatan dan bertanggungjawab atas keberhasilan yang menjadi keutamaan kepada rakyat.

Kertas cadangan pengasingan telah diangkat ke Mesyuarat Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Ugama Islam Malaysia (MKI) pada tahun 2007. Setelah melalui pelbagai sesi perbincangan dan forum bagi mengkaji kewajaran pengasingan agensi pendakwaan Syariah, suatu kertas cadangan yang komprehensif telah disediakan oleh JAKIM dan diangkat sekali lagi ke MKI untuk pertimbangan. Kronologi ke arah penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah adalah seperti yang berikut:

1. Mesyuarat Majlis Kebangsaan Bagi Hal-Ehwal Ugama Islam (MKI) kali ke-51 yang diadakan pada 25 Mei 2010 telah bersetuju akan keperluan penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah sebagai sebuah jabatan yang berasingan dan tersendiri.
2. Persidangan Ketua-Ketua Jabatan Agama Islam/Majlis Agama Islam Negeri (PKJ) kali ke-92 yang diadakan pada 24 hingga 25 Oktober 2013 bersetuju terhadap cadangan pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) dan dinaik taraf kepada sebuah Jabatan.
3. Mesyuarat Majlis Kebangsaan Bagi Hal-Ehwal Ugama Islam (MKI) kali ke-56 yang diadakan pada 16 Januari 2014  dipengerusikan oleh YAB Perdana Menteri Malaysia bersetuju dengan cadangan pengasingan Bahagian Pendakwaan daripada JAIN untuk dinaik taraf kepada Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri dengan syarat—
   1. Penubuhannya perlu mendapat perkenan Majlis Agama Islam Negeri (MAIN); dan
   2. Suatu gred perjawatan yang bersesuaian perlu diwujudkan dan diselaras oleh Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA).
4. Majlis Agama Islam Wilayah Persekutuan telah meluluskan cadangan pengasingan Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (JAWI) dan Bahagian Pendakwaan Syariah pada 21 Julai 2014.
5. Satu memorandum cadangan telah diangkat ke Mesyuarat Jemaah Menteri yang telah bersidang pada 20 Mac 2015. Mesyuarat telah menimbang dan bersetuju:
   1. Dengan cadangan Pengasingan Bahagian Pendakwaan Syariah daripada Jabatan Agama Islam Negeri (JAIN) untuk dinaik taraf kepada sebuah jabatan yang dinamakan “Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri”; dan
   2. Mewujudkan struktur perjawatan Jabatan Pendakwaan Syariah Negeri yang sesuai dengan keperluan pihak berkuasa negeri dan diselaras oleh Jabatan Perkhidmatan Awam (JPA).

Sehubungan dengan itu, Mesyuarat Mingguan dengan YBhg. Ketua Setiausaha Negara (MMKSN) Bilangan 17 Tahun 2016 pada 28 September 2016 telah menimbang dan bersetuju dengan cadangan penubuhan Jabatan Pendakwaan Syariah Wilayah Persekutuan (JAPENSWP) di bawah Jabatan Perdana Menteri (JPM). Maka pada 1 November 2016 melalui Waran Perjawatan Bil. A227 Tahun 2016 secara rasminya Bahagian Pendakwaan Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan diasingkan dari Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan (JAWI) dan mula bertindak sebagai suatu entiti sendiri dengan nama Jabatan Pendakwaan Syariah Wilayah Persekutuan (JAPENSWP).